Nikaj-Mërturi bën pjesë në rajonin verilindor dhe zë pjesën perëndimore të rrethit të Tropojës, në anën veriperëndimore të luginës së Drinit, duke u kufizuar në lindje përmes Majës së Korës dhe Qafës së Kolçit me komunën e Bujanit dhe të Fierzës dhe në perëndim përmes Qafës së Ndërmanjës dhe Qafës së Agrit me komunat e Shalës, Shoshit dhe Temalit, të rrethit të Shkodrës.